「摂州丹生山田六條八幡之縁起」によれば、当八幡宮は往古神功皇后が三韓征伐(新羅征伐)に向かう途上、「我が山の丹土で舟、兵具を塗り、軍衣を染め、丹浪(海水を掻き回して赤く濁らせる)を以て出陣すれば勝利疑いなし」という丹生都比売命の御神託により、斎戒沐浴して丹生都比売命を氏神と仰ぐ丹生氏族より丹土を授かるために営んだ行宮址と伝えられています。
―　当宮の西方に聳える丹生(たんじょう)山頂に丹生都比売命をお祀りする丹生(たんじょう)神社が鎮座しています　―
時を経て平安時代の中期、一条天皇の御代長徳元年(995)、周防国(現山口県)の神仏習合の行者で、弘法大師の弟子である基燈法師が各地を巡錫(じゅんしゃく)し、当地に至り、神功皇后行宮址を応神天皇が修営された霊地である事を夢想の霊告に感じ、黒木の宝殿一宇(若宮八幡宮)を建立されました。
更に時代は下り、鳥羽天皇の御代保安4年(1123)に丹生山田庄の領主であった六條判官源為義が、京の都六条左女牛※(醒ヶ井)の自邸に祀る左女牛八幡大神を勧請合祀し、古(いにしえ)の若宮八幡宮を再造しました。これにより御神威は愈々増し、為義の称号をとって「六條八幡宮」と呼ばれるようになりました。
この邸内社は現在「陶器神社」の通称で有名な京都市東山区の五条坂に鎮座する若宮八幡宮です。(現社地へ遷座されたのは江戸時代です)
その後文正元年(1466)に三重塔が建立され、室町中期の優雅な姿を今に伝えています。

※左女牛は「左女牛井」(さめがい)で、源頼義がこの地に築いた源氏六條堀川邸にあった井戸。京三名水の一つ。